1949年10月1日，中华人民共和国成立,新中国取消了西方列强霸占的港航管理特权，将海关兼办的港口、航道、航标等海事工作全部划转交通部统一管理。1953年7月交通部将所辖沿海航标及相关机构全部移交海军统辖，全国沿海航标测量工作由此形成三大海区管理格局。同年9月，交通部、邮电部联合发布通令，将邮电部所属23座江海岸电台划转交通部统一管理，分别与所在地港务局航务专用电台合并，统称交通部航务无线电台(对外称××港海岸电台)，成为全国唯一水运通信管理机构。

随着中国沿海军事斗争形势趋于缓和，1955年5月，交通部海运管理总局组建海港测量队，专司全国商用港口航道测量职责，并编绘民用航海图书资料。1958年5月，海军将商用为主的港口航标，分别移交交通部直属港务局或地方交通部门管理，渔港、渔场等专用航标划归当地水产部门管理，北方海区航标管理形成海军、交通、水产三大部门分管格局。

1978年中共十一届三中全会后，航运经济空前繁荣，港口建设日新月异，航海保障事业随之兴旺。1980年4月24日，为适应改革开放新形势需要，国务院和中央军委决定将海军管辖的沿海干线公用航标及相关人员全部划归交通部管理(正在建设的罗兰C远程无线电导航台及军事专用航标除外)。同年10月30日，交通部承继海军管理格局，将中国沿海划分为北方、东海、南海三大海区，分别在天津、上海、广州航道局原有航测力量基础上组建航标测量处，分工管理各自辖区的公用航标和港口航道测量工作。自此，北方海区航标测量工作形成以天津航道局为主的管理格局，水运安全通信仍由各港务局分工管理。

中华人民共和国相继恢复国际电信联盟(ITU)、国际海事组织(IMO)、国际海道测量组织(IHO)、国际航标协会(IALA)等国际组织成员国地位后，航海保障事业与国际接轨步伐明显加快。遵照国务院关于港口体制改革统一部署，交通部按照“政企分开”原则，将航标测量、港务监督、海岸电台等机构从航道局和港务局成建制划出，实行交通部与地方人民政府双重领导、以交通部为主的管理体制。

自1989年1月起，按照交通部要求，天津海监局先后将大连、烟台、青岛、秦皇岛等航标区(站)划归所在地海监局建制，实行双重领导管理体制，党政工作由各海监局管理，航标业务、计划、财务工作仍由天津海监局归口管理，北方海区航标系统形成各海监局分工管理格局。

1998年，按照中共中央关于深化行政体制改革要求，国务院决定实施全国水上安全监督管理体制改革，组建中华人民共和国海事局(交通部海事局)及20个直属海事局，实行垂直管理体制。2001年5月，大连、营口、秦皇岛、烟台、青岛航标处(区)划归天津海事局建制，并相继接管地方交通主管部门所辖公用航标，北方海区公用航标自此形成集中统一管理格局。

2012年9月，按照“政事分开”原则，交通运输部决定将中国沿海航标、测绘、通信等机构从各海事局成建制划出，分别在天津、上海、广州组建北海、东海、南海航海保障中心，为交通运输部直属副局级事业单位，纳入中国海事局管理范围。其中，北海航海保障中心于同年12月20日正式挂牌运行，内设7个职能部门，下辖15个基层单位，核定编制1925人，标志着北海航海保障事业历史进程翻开崭新的一页。

世事沧桑，百年巨变。抚今追昔，北海航海保障事业历经漫长而曲折的发展之路，从无到有，由弱变强，跨越了一道道艰难险阻，实现了一个个历史突破，历代航海保障工作者功不可没。展望未来，北海航海保障中心承载着深厚的文化底蕴和全新的历史使命，正在按照中共中央、国务院擘画的新时代中国特色社会主义建设宏伟蓝图，不忘初心、牢记使命，稳步推进全面深化改革，大力实施创新驱动发展战略，有效履行航海保障职责任务，为实现中华民族伟大复兴和海洋强国之梦砥砺前行。